황사 기간중엔, 병원을 찾는 호흡기 질환자의 수가 평소보다 20%가량 증가한다. 일교차가 큰 봄철엔 지표면의 공기는 차고 지상의 공기는 따뜻하므로, 대기중에 있던 황사가 높이 떠오르지 못하고 내려앉아 결국 인체에 영향을 미치게 되는 것이다. 때문에 황사기간 중엔 호흡기 질환자가 크게 늘어난다. 특히 어린이나 노인들에겐 더욱 피해가 크다. 황사 때 대기중의 먼지 농도는 평소의 네 다섯 배에 이르는데, 황사와 같은 미세먼지는 걸러지지 않고 사람의 폐 속으로 직접 들어간다. 그 과정에서 기도를 자극해, 기침이 나게 하거나 가래나 염증을 일으키며, 기관지에 직접 작용해서 기관지 벽을 헐게하고 협착을 일으킨다. 따라서 기도가 좁아져 숨쉬는데 방해가 된다. 한편, 미세먼지는 사망률에도 직접적으로 영향을 미친다. 미세먼지의 농도가 1평방미터당 10마이크로 그램이 늘어남에 따라 1일 사망률이 1%씩 는다는 연구도 있다. 최근에는 황사에 다이옥신이 묻어온다는 연구가 보고 되기도 했다.
 더욱이 최근의 황사는 중국의 빠른 산업화에 따라 공해물질이 다량 함유돼 있는 경우가 많아 건강에 큰 위협이 되고 있다. 황사의 주요 구성물질은 실리콘과 알루미늄, 칼륨, 칼슘 등이고 미세 분진 부유물들이 포함돼 있는데 이런 물질들은 대기중에서 화학반응에 의해 질소산화물(NO), 황산화물(SO) 등을 생성한다. 황산화물과 질소산화물은 흡연자들의 만성 기관지염을 악화시키고, 면역기능이 약하고 폐활량이 작은 노인과 영아에게는 호흡기 감염질환을 일으키기도 하며 천식환자나 폐질환 환자 등의 질환을 악화시킨다. 
  
 황사는 특히 급속한 공업화로 아황산가스 등 유해물질이 많이 배출되고 있는 중국을 경유하면서 오염물질이 섞여 건강에 적지 않은 영향을 미친다. 
 황사가 발생하면석영(실리콘), 카드뮴, 납, 알루미늄, 구리 등이 포함된 흙먼지가 대기를 황갈색으로 오염시켜 대기의 먼지량이 평균 4배나 증가한다. 이에 따라, 작은 황진이 사람의 호흡기관으로 깊숙이 침투해서 천식,기관지염 등의호흡기 질환을 일으키거나, 눈에 붙어 결막염, 안구건조증 등의 안질환을 유발한다. 그러므로 이에 대한 적절한 대처와 예방이 필요하다. 
 심할 경우에는 항공기, 자동차, 전자장비 등 정밀기계에 장애를 일으키거나 태양 빛을 차단, 농작물이나 활엽수가 숨쉬는 기공을 막아 성장을 방해하기도 한다. 
 
 황사, 긍정적인 영향도 있다 : 황사는 모래성분인 규소가 대부분이나, 중국 도시나 공업지대 상공을 지나면서 황산염, 질산염 같은 중금속을 품는다. 따라서 황사 비는 염기성을 띤다. 이는 주로 산성인 국내 토양을 중화시켜주는 긍정적인 역할을 한다. 또 해양 플랑크톤에 무기염류를 제공, 생물학적 생산성을 증대시키기도 한다. 하지만 피해가 더 많다.